L’archeologia subacquea non rappresenta una disciplina  autonoma , ma soltanto un aspetto particolare, un settore di applicazione, dell’archeologia.
La moderna archeologia, condotta secondo i metodi  e le tecniche che ancora oggi utilizziamo, ebbe origine  alla fine dell’Ottocento.
Precedentemente, ma in diversi casi ancora nella prima metà del Novecento, la ricerca archeologica era finalizzata principalmente al recupero di quei materiali e di quegli oggetti che avessero un particolare significato artistico, collezionistico e antiquario.
“ Dopotutto, l’uomo è l’unico animale che sappia di avere un passato e di poterlo studiare consapevolmente. E uno dei modi principali con cui possiamo penetrare nel passato è lo scavo, lo studio diretto dell’evidenza materiale.
[….] possiamo risalire agli uomini del passato solo attraverso ciò che hanno lasciato, in primo luogo le macerie delle loro costruzioni, i loro rifiuti domestici e talora, in maniera più diretta, attraverso i loro resti scheletrici.
Trascorriamo così settimane a pulire acciottolati che, quando erano in uso, erano normalmente coperti di fango, o coscienziosamente raccogliamo e registriamo frammenti di ceramica che i loro proprietari scartavano senza pensarci due volte. […]
Eppure, l’insieme di tutte queste attività apparentemente ridicole, integrato attraverso il convergere delle diverse esperienze e tecniche di analisi e di sintesi che riusciamo a mettere insieme, ci dà, fintanto che non perdiamola testa e non ci impantaniamo in astrazioni matematiche o linguistiche, un panorama del passato che non si potrebbe ottenere in nessun altro modo.” (P.Barker)

Lo scavo archeologico 
 Il lavoro dell’archeologo è mirato a rilevare  “l’evidenza archeologica”, cioè tutte quelle informazioni (stratigrafiche, cronologiche, tipologiche, connessioni tra strati, strutture e materiali, etc.) che si possono ricavare durante lo scavo. Queste vengono rilevate così come vengono scoperte, cioè senza alterarne l’evidenza.
La successiva analisi a tavolino, condotta sulla base della documentazione raccolta, permetterà di individuare concordanze e discordanze, coerenze e incoerenze, anche alla luce di altri dati forniti, eventualmente,da precedenti scavi e fonti di altro genere (paleoambientale, storico, epigrafico, etc.)
Sott’acqua e in superficie la metodologia di scavo è una sola.
Lo scavo procede dall’alto verso il basso intervenendo sistematicamente sui diversi strati che si incontrano, i quali riceveranno un numero progressivo che identifica l’unità stratigrafica, convenzionalmente definita US. Questa numerazione è indipendente dalla sequenza cronologica di formazione degli strati e viene applicata alle diverse US man mano che queste vengono incontrate.
Ciascuna US viene rilevata tramite un’apposita scheda (scheda di US), in cui sono specificate tutele caratteristiche dello strato: al sua posizione stratigrafica, i riferimenti che la ricollegano alla documentazione generale (grafica, fotografica, campioni, materiali litici, resti di ossa, legni, carboni, la datazione relativa e, se possibile, assoluta, l’interpretazione dello strato e di altri elementi ancora.

Un lavoro d’équipe  
Il moderno scavo archeologico, secondo le modalità d’intervento e la tipologia del sito, indica la collaborazione di un certo numero di specialisti diversi, che intervengono nel proprio campo specifico sotto la direzione generale dell’archeologo e compongono l’équipe di ricerca, al fine di raccogliere la maggior quantità possibile d’ informazione sul sito. Tra questi specialisti ricordiamo il geologo, il paleobotanico, il paleozoologo, l’antropologo e, secondo le necessità, altre figure specializzate nell’indagine di strutture particolari.
L’équipe, inoltre, si completa con altri esperti che operano in laboratorio e affiancano il lavoro di quelli citati, nelle indagini di carattere fisico chimico, nell’analisi dei legni, dei tessuti, dei pollini,dei sedimenti, dei resti malacologici (di conchiglie) e così via.
Durante lo scavo ha un ruolo di primaria importanza la fase di documentazione, che viene condotta col rilevamento grafico e fotografico delle piante e delle sezioni, con la compilazione delle schede di US, dell’elenco dei reperti, del giornale e del diario di scavo e con altri strumenti ancora.
E’ importante sottolineare che col suo intervento l’archeologo indaga un contesto e, in particolare, una stratigrafia che automaticamente vengono distrutti con lo scavo e che non potranno più essere verificati sul terreno. La documentazione, dunque, insieme ai materiali e ai campioni raccolti, resta l’unico elemento che permetterà di ricostruire virtualmente il luogo così come si presentava prima dello scavo, di ripercorrere il lavoro eseguito e di condurre a tavolino lo studio del sito.    
 
Il principio stratigrafico
Il principio fondamentale su cui si basa lo sviluppo dell’archeologia come vera e propria disciplina scientifica proviene dalla geologia: si tratta del principio stratigrafico, di cui riassumeremo brevemente i contenuti. La formazione degli strati geologici avviene per fasi successive nel corso del tempo, attraverso il deposito di strati di terreno uno su l’altro,dunque, progressivamente dal basso verso l’alto (con questa considerazione intendiamo solo fornire un riferimento esplicativo e semplificato poiché, in realtà le classifiche di formazione di una stratigrafica gli strati più bassi sono cronologicamente anteriori a quelli più alti.
Lo stesso fenomeno avviene anche nei contesti antropizzati, cioè nelle aree che hanno conosciuto una frequentazione umana. L’attività dell’uomo ha sempre lasciato dei segni sul terreno, che possono apparire più o meno evidenti secondo l’intensità, le modalità e la continuità con cui essa si è verificata.
Per questo motivo, la sequenza stratigrafica di un contesto archeologico può presentarsi molto complessa. Accanto alla deposizione di strati uno sull’altro, infatti, nel terreno possono verificarsi dei tagli e dei rimescolamenti che possono arrivare perfino ad invertire la sequenza cronologica. Gli strati, inoltre, possono avere un andamento più o meno orizzontale, ma anche un andamento obliquo, secondo le modalità della loro formazione, la pendenza naturale del terreno e, più in generale, la topografia del luogo.

L’archeologia subacquea
Lo sviluppo dell’archeologia subacquea è un fatto relativamente recente. Escludendo le operazioni di recupero avvenute agli inizi del Novecento grazie all’opera dei pescatori di spugne e dei palombari, i primi veri e propri interventi archeologici subacquei iniziarono  poco dopo la metà del secolo, tra la fine degli anni ’50 e gli anni ’60. In poco più di quarant’anni questo nuovo settore dell’archeologia ha contribuito in modo fondamentale ad approfondire la conoscenza del più ampio rapporto uomo-acqua, nei diversi contesti ambientali  e nelle diverse forme in cui questo si è sviluppato.
L’applicazione dell’archeologia subacquea si articola in diversi settori specifici: quello marino e quello lagunare, quello lacustre e quello fluviale, quello delle canalizzazioni artificiali, delle cisterne, dei pozzi. Gli interventi di prospezione e di scavo vengono condotti non solo sui relitti navali, ma anche sulle strutture sommerse, come quelle dei porti, dei ponti, delle peschiere, degli insediamenti palafitticoli, delle abitazioni e altri edifici che per vari motivi (come l’arretramento della linea di costa, l’innalzamento del livello delle acque o la subsidenza) sono venute a trovarsi in ambiente subacqueo. Ampliando il raggio d’interesse e della ricerca all’indagine delle aree umide, alle bonifiche e, in generale, allo sfruttamento delle risorse idriche (come nel caso degli acquedotti  e dei mulini), che solo in qualche caso implica un’operatività di tipo subacqueo, si può parlare di una vera e propria “archeologia delle acque”.

Le ricerche in alto fondale
Una nuova frontiera per la ricerca è rappresentata dall’archeologia subacquea degli alti fondali, che permette di individuare relitti materiali conservati relativamente bene. Questa situazione favorevole è determinata da diversi fattori: la riduzione della vita batteriologica, dovuta all’abbassamento della temperatura dell’acqua, e la diminuzione della crescita delle alghe, dovuta alla scarsità o all’assenza di luce ( la formazione di incrostazioni diventa molto scarsa o quasi nulla a profondità molto alte); l’annullamento degli effetti di erosione generati dal moto ondoso; la difficoltà di raggiungimento da parte di ricercatori clandestini e da parte dei pescatori (cioè, delle loro reti).
L’archeologia subacquea in questo contesto specifico dove avvalersi di mezzi ad alta tecnologia, come le videocamere filoguidate e, naturalmente, i batiscafi, che permettono di condurre le operazioni di prospezione.

Altofondalisti e sommergibili
L’intervento dell’uomo diventa complesso al di sotto delle profondità che possono essere raggiunte con l’autorespiratore ad aria, cioè al di sotto dei 50 60 metri, ma già a queste quote richiede un impegno tecnico e logistico davvero notevole. Il tempo di permanenza sul fondale si riduce notevolmente e aumenta quello della risalita, durante la quale si devono necessariamente rispettare le tappe per la decompressione; inoltre, il costo di simili operazioni e molto alto e può essere giustificato solo dall’intervento su siti archeologici di grande importanza. Per scendere a profondità superiori necessita di una specifica professionalità subacquea, quella dell’alto fondalista. L’alternativa all’intervento diretto dell’uomo è rappresentata dall’impiego di sistemi robotizzati in grado di muoversi e di operare agevolmente su un sito archeologico ad alta profondità. In un prossimo futuro, probabilmente non lontano, sarà possibile disporre di mezzi di questo tipo, che permetteranno d’indagare relitti a 2000 o 3000 metri di profondità; relitti di cui ora possediamo solo spettacolari immagini   prese da batiscafi,  come quelle riprese dal mezzo con cui è stato condotto il recupero del DC 9 caduto nelle acque di Ustica nel 1980, dove, intorno alla carcassa dell’aereo, sono stati identificati a 3200 metri di profondità due relitti, uno tardo-romano e uno moderno. Con l’impiego di questi piccoli sommergibili è già possibile intervenire su relitti dall’alto fondale, eseguire dei rilevamenti fotografici e video, nonché procedere al recupero dei materiali per mezzo dei bracci meccanici.   

L’archeologia navale
Infine è importante sottolineare la definizione di archeologia navale, che talvolta, in modo improprio, viene considerata parte dell’archeologia subacquea. In realtà le cose non stanno proprio così.
L’archeologia navale si colloca come disciplina autonoma che ha per oggetto di studio le imbarcazioni, e gli aspetti tecnici e culturali ad esse connessi, avvalendosi oggi tanto dell’archeologia subacquea, quanto dell’archeologia terrestre. E’ il caso dei relitti che hanno subito un processo d’insabbiamento o d’interrimento, dunque di quei relitti che oggi si trovano in giacitura di superficie, a terra o in ambiente umido.